中文网站
Nat Med | Ko te huarahi maha-omics ki te mapi i te puku whakauru, te aukati me te whenua moroiti o te mate pukupuku colorectal e whakaatu ana i te taunekeneke o te microbiome me te punaha mate.
Ahakoa kua rangahauhia nga tohu koiora mo te mate pukupuku koroni tuatahi i roto i nga tau tata nei, ko nga aratohu haumanu o naianei kei te whakawhirinaki anake ki te tuunga pukupuku-lymph node-metastasis me te kite i nga hapa o te whakatikatika DNA (MMR) me te koretake o te microsatellite (MSI) (i tua atu i nga whakamatautau pathology paerewa. ) ki te whakatau i nga tohutohu maimoatanga. Kua kite nga Kairangahau i te kore hononga i waenga i nga urupare aukati a-whakapapa ira, nga korero moroiti, me te stroma puku i roto i te roopu mate pukupuku colorectal Cancer Genome Atlas (TCGA) me te oranga o te manawanui.
I te ahu whakamua o te rangahau, kua puta te korero ko nga ahuatanga ine ine o te mate pukupuku tae tuatahi, tae atu ki te mate pukupuku pūtau, parepare, stromal, moroiti ranei o te mate pukupuku, kua puta he tino hono ki nga putanga haumanu, engari he iti tonu te maarama ki te pehea e pa ai o raatau taunekeneke ki nga hua o te manawanui. .
Hei wehewehe i te hononga i waenga i te matatini me te huanga, he roopu kairangahau mai i te Sidra Institute of Medical Research i Qatar i whakawhanakehia, ka whakamanahia he kaute whakauru (mICRoScore) e tohu ana i te roopu o nga turoro he pai te reiti oranga ma te whakakotahi i nga ahuatanga microbiome me te aukati aukati. taumau (ICR). I mahia e te roopu he tātaritanga ira tangata mo nga tauira tio hou mai i nga turoro 348 e mau ana i te mate pukupuku colorectal tuatahi, tae atu ki te raupapa RNA o nga pukupuku me te rite ki te kiko o te tae hauora, te raupapa exome katoa, te kaiwhakawhiwhi T-pūtau hohonu me te raupapa ira rRNA huakita 16S, ka taapirihia e te puku katoa. te raupapa ira hei tohu ake i te microbiome. I whakaputaina te rangahau i roto i te Nature Medicine hei "He puku whakauru, he mate pukupuku me te microbiome atlas o te mate pukupuku koroni".
Tuhinga i whakaputaina i roto i te Nature Medicine
AC-ICAM Overview
I whakamahia e nga Kairangahau tetahi papaaaa ira orthogonal hei tātari i nga tauira puku tio hou me te whakarite i te kiko o te koroni hauora e tata ana (tumor-noa takirua) mai i nga turoro me te mate pukupuku o te koroni kaore he rongoa nahanaha. I runga i te raupapa o te katoa-exome (WES), te mana o te kounga raraunga RNA-seq, me te tirotiro paearu whakauru, ka mau tonu nga raraunga genomic mai i nga turoro 348 ka whakamahia mo te tātaritanga o raro me te whai muri o te 4.6 tau. I whakaingoatia e te roopu rangahau tenei rauemi ko Sidra-LUMC AC-ICAM: He mapi me te aratohu ki nga taunekeneke aukati-mate pukupuku-microbiome (Whakaahua 1).
Te whakarōpūtanga ngota ma te whakamahi ICR
Ko te hopu i tetahi huinga tohu tohu ira aukati mo te tirotiro mate pukupuku tonu, e kiia ana ko te aukati aukati (ICR), i arotauhia e te roopu rangahau te ICR ma te whakauru ki roto i te roopu 20-ira e kapi ana i nga momo mate pukupuku rereke, tae atu ki te melanoma, te pukupuku pukupuku, me te mate pukupuku uma. Kua hono ano te ICR ki te urupare immunotherapy i roto i nga momo momo mate pukupuku, tae atu ki te mate pukupuku uma.
Tuatahi, i whakamanahia e nga kairangahau te hainatanga ICR o te roopu AC-ICAM, ma te whakamahi i te ICR ira-a-ira-a-ira ki te whakarōpū i te roopu ki roto i nga momo huinga e toru / iraiti: ICR teitei (nga pukupuku wera), te ICR reo me te ICR iti (makariri. pukupuku) (Whakaahua 1b). I tohuhia e nga Kairangahau te ahua o te mate kare e pa ana ki nga momo molecular consensus subtypes (CMS), he whakarōpūtanga-a-tuhi mo te mate pukupuku koroni. ko nga waahanga CMS ko CMS1/immune, CMS2/canonical, CMS3/metabolic me CMS4/mesenchymal. I kitea e te tātaritanga he kino te hono o nga kaute ICR ki etahi ara o te mate pukupuku i roto i nga momo-iti CMS katoa, a ko nga hononga pai me nga huarahi immunosuppressive me te stromal i kitea i roto i nga pukupuku CMS4 anake.
I roto i nga CMS katoa, ko te nui o te kaipatu taiao (NK) pūtau me nga waahanga T i roto i nga waahanga iti o te ICR teitei, me te nui ake o te rereketanga i roto i etahi atu waahanga leukocyte (Whakaahua 1c). He rereke nga OS me te PFS o te ICR immune, me te piki haere tonu. i roto i te ICR mai i te iti ki te teitei (Whakaahua 1d), e whakamana ana i te mahi tohu a te ICR i roto i te mate pukupuku colorectal.
Whakaatu 1. Ko te hoahoa ako AC-ICAM, te waitohu ira e pa ana ki te aukati, nga momo iti o te mate me te ngota ngota me te oranga.
Ka hopuhia e te ICR nga pūtau T kua whakarangatirahia e te puku, kua whakahiatotia
He tokoiti noa iho o nga pūtau T e kuhu ana i te kiko pukupuku kua puta he korero motuhake mo nga antigens puku (iti iho i te 10%). No reira, ko te nuinga o nga pūtau T i roto i te puku e kiia ana ko te T bystander T cells (bystander T cells). Ko te hononga tino kaha me te maha o nga pūtau T tikanga me nga TCR whai hua i kitea i roto i te stromal cell me te leukocyte subpopulations (kua kitea e te RNA-seq), ka taea te whakamahi ki te whakatau tata i nga taupori T cell (Whakaahua 2a). I roto i nga kohinga ICR (te katoa me te whakarōpūtanga CMS), i kitea te nuinga o te clonality o te SEQ TCR i roto i te ICR-tiketike me te CMS subtype CMS1 / rōpū aukati (Whakaahua 2c), me te nui o te waahanga o nga pukupuku ICR-teitei. Ma te whakamahi i te katoa o te tuhinga (18,270 ira), e ono nga ira ICR (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, me CXCL10) i roto i nga ira tekau tino pai e hono ana ki te TCR immune SEQ clonality (Whakaahua 2d). He kaha ake te hono o te immunoSEQ TCR clonality me te nuinga o nga ira ICR i nga hononga i kitea ma te whakamahi i nga tohu CD8+ urupare-tumu (Whakaahua 2f me 2g). Hei mutunga, ko te tātaritanga i runga ake nei e kii ana ko te hainatanga ICR ka mau i te aroaro o nga pūtau T kua whakarangatirahia te puku, kua whakakahaa karaka, ka whakamarama pea i ona paanga matapae.
Whakaahua 2. Nga inenga TCR me te hononga ki nga ira e pa ana ki te parepare, nga momo iti o te mate me te ngota ngota.
Hanganga Microbiome i roto i nga kopa mate pukupuku hauora me te koroni
I mahia e nga kairangahau te raupapatanga 16S rRNA ma te whakamahi i te DNA i tangohia mai i te mate pukupuku me te kiko koroni hauora mai i nga turoro 246 (Whakaahua 3a). Mo te whakamana, i tātarihia ano e nga kairangahau nga raraunga raupapa ira ira 16S rRNA mai i etahi atu tauira 42 puku kaore i rite ki te DNA noa e waatea ana mo te tātari. Tuatahi, ka whakatauritehia e nga kairangahau te nui o te tipu i waenga i nga pukupuku e rite ana me te kiko o te koroni hauora. I tino piki ake te Clostridium perfringens i roto i nga pukupuku i whakaritea ki nga tauira hauora (Whakaahua 3a-3d). Kaore he rereketanga nui i roto i te rereketanga o te alpha (te rereke me te nui o nga momo i roto i te tauira kotahi) i waenga i te pukupuku me nga tauira hauora, me te iti o te whakaiti i te rereketanga o te microbial i kitea i roto i nga pukupuku ICR-teitei e pa ana ki nga pukupuku ICR-iti.
Hei kite i nga hononga haumanu i waenga i nga tuhinga moroiti me nga hua haumanu, i whai nga kairangahau ki te whakamahi i nga raraunga raupapa ira ira 16S rRNA hei tautuhi i nga ahuatanga microbiome e matapae ana i te oranga. I AC-ICAM246, i whakahaerehia e nga kairangahau tetahi tauira o te OS Cox regression i whiriwhiria nga ahuatanga 41 me nga taurangi kore-kore (e pa ana ki te mate rereke rereke), e kiia ana ko te MBR classifiers (Whakaahua 3f).
I roto i tenei roopu whakangungu (ICAM246), he iti te tohu MBR (MBR<0, MBR iti) e pa ana ki te iti rawa o te mate o te mate (85%). I whakapumautia e nga kairangahau te hononga i waenga i te MBR iti (morearea) me te OS roa i roto i nga roopu e rua kua whakamanahia motuhake (ICAM42 me TCGA-COAD). (Whakaahua 3) I whakaatuhia e te rangahau he hononga kaha i waenga i te cocci endogastric me nga tohu MBR, he rite ki te pukupuku me te kiko o te koroni hauora.
Whakaahua 3. Microbiome i roto i te pukupuku me te kopa hauora me te hononga ki te ICR me te oranga o te manawanui.
Whakamutunga
Ko te huarahi maha-omics e whakamahia ana i roto i tenei rangahau ka taea te tirotiro me te tātaritanga o te hainatanga ngota o te urupare aukati i roto i te mate pukupuku colorectal me te whakaatu i te taunekeneke i waenga i te microbiome me te punaha mate. Ko te raupapa TCR hohonu o te puku me te kopa hauora i kitea ko te hua matapae o te ICR pea na tona kaha ki te hopu i nga karamai pūtau T whakarangatira i te puku me te tumo antigen-motuhake.
Ma te wetewete i te hanganga microbiome puku ma te whakamahi i te raupapa ira 16S rRNA i roto i nga tauira AC-ICAM, i kitea e te roopu he waitohu microbiome (te tohu morearea MBR) me te uara matapae kaha. Ahakoa i ahu mai tenei hainatanga mai i nga tauira puku, he kaha te hononga i waenga i te colorectum hauora me te tohu morearea MBR puku, e kii ana ka mau pea tenei hainatanga i te hanganga microbiome gut o nga turoro. Ma te whakakotahi i nga tohu ICR me te MBR, i taea te tautuhi me te whakamana i te tohu koiora a nga akonga maha-omic e tohu ana i te oranga o nga turoro me te mate pukupuku koroni. Ko te huingararaunga maha-omic a te rangahau he rauemi kia pai ake ai te maarama ki te koiora mate pukupuku koroni me te awhina ki te rapu huarahi rongoa whaiaro.
Wā tuku: Hune-15-2023
Tautuhinga tūmataiti