Nat Med | He huarahi maha-omic ki te whakamahere i te puku whakauru

Nat Med | Te huarahi-omic mo te whakamahere i te puku o te iwi, te mate uruta o te mate pukupuku o te konukawata e whakaatu ana i te taunekeneke o te micropuo me te punaha raupatu
Ahakoa ko te koiora mo te mate pukupuku kon tuatahi i akohia i roto i nga tau tata nei, ko nga aratohu haumanu o naianei anake i runga i nga ngoikoretanga o te DNA MISMATITY (MSI) (MSI) (MSI) (MSI) Ko nga kairangahau i kii i te kore hononga i waenga i nga ira tangata e whakaatu ana i nga urupare a te miihini, me te puku o te mate pukupuku i roto i te mate pukupuku o te mate pukupuku atlas (tcga)

I te mea ko te rangahau, ko te tikanga o te mate pukupuku o te ao tuatahi, tae atu ki te mate pukupuku o te mate pukupuku, engari he iti noa te maarama ki nga putanga o a raatau tamariki.
Ki te whakakore i te hononga i waenga i te matatini o te Phenotypice me te Putanga o te Rangahau o Sidra i Qatar i te wa e tohu ana i nga ahuatanga o te mate pukupuku me te whakakotahi i nga tohu microbiome. I mahia e te roopu te tātaritanga whariki reo hou mai i nga turoro o te 348 me te nui o te kiko o te mate pukupuku, me te katoa o te kohinga o te hauota. I whakaputaina te rangahau i roto i te rongoa rongoa hei "he puku whakakotahi, he mate me te microbome atlas o te mate pukupuku o te kopae".

Tuhinga I whakaputahia i te rongoa taiao

He tirohanga ac-ICAM

Ko nga kairangahau i whakamahia he papanga onthogonal ki te tātari i nga tauira o te koromatua hou (takirua-takirua) mai i nga turorotanga o te mate pukupuku o te mate pukupuku kaore he rongoa. I runga i nga waahanga-a-katoa-mua (wes), te mana o te raraunga a RNA-SE, me nga raraunga whakauru mai i te 348 nga turoro i whakamahia me te whakamahi i nga tau o te 4.6 tau. Ko te roopu rangahau i tapaina ko tenei rauemi a te rauemi Sidra-Lumc AC-ICAM: he mahere me te arahi ki te whakangahau-mate pukupuku-mate pukupuku (Whakaahua 1).

Whakarōpūtanga o te kohinga ma te whakamahi i te icr

Ko te hopu i tetahi huinga tauira mo te aukati i te mate pukupuku ohorere, ka tohua te Rōpū Rangahau, te whakauru i te melanoma, te mate pukupuku o te uma. Kua honoa hoki te ICR ki te whakautu mo te rongoa i roto i te maha o nga momo mate pukupuku, tae atu ki te mate pukupuku pukupuku.

Tuatahi, ko nga kairangahau i whakamanahia te tohu iCR mo te kaupapa AC-ICAM hei whakatau i te CUSTters / ICUNT STBERPES: ICER THOORS (THOOR STARED (THURS 1B). I whakaatuhia e nga kairangahau i te whakapae aitua e pa ana ki nga waahanga iti o te Conversus (CMS), he whakarōpūtanga-a-tuhi mo te mate pukupuku o te kopae. Ko nga waahanga CMS kua uru ki te CMS1 / Iwi, CMS2 / Chenical, CMS3 / Metabolic me Cms4 / Mesenchymal. I whakaatu te tātari i te kaupapa kino i te ICR i roto i nga waahanga CMS katoa, me nga whakatikatika pai me nga huarahi e pa ana ki te CMS4 anake.

I roto i nga CMS katoa, ko te maha o nga kaikohuru taiao (NK) me nga pūtau pūtau i runga i te ICR nui o te leukocyte i te teitei o te leukty i te teitei o te ICR.

Whakaahua 1. Ko te hoahoa ako ac-icam ac-icam, waitohu ira tangata e pa ana, te mate me nga tohu mo te oranga.
Ka mau i te ICR nga pukupuku-kino, he clonally i nga pūtau t
Ko te iti noa o te tipu o te tumument stod kua korerotia i te mea motuhake mo nga antigens kumens (iti iho i te 10%). Na reira, ko te nuinga o nga pūtau intra-puku e kiia ana ko nga pūtau tuturu i te taha o nga pūtau a te tutei a Bystandert T). Ko te whakatikatika kaha me te maha o nga pūtau tcrs whai hua i kitea i roto i nga waahanga tipu me te leukocyte (ka kitea e te Rna-SEQ), ka taea te whakamahi ki te whakatau i nga waahanga cell (Whakaahua 2A). I roto i nga tautau iCR (te katoa o te CMS me te CMS teitei o te TCRes SEQ mo te ICR-teitei me te CMS Subtype CMS1 / Neke) Ma te whakamahi i te katoa o nga whakawhitinga (18,270 ira), e ono iCR Genes (ICNG, CCCH5, CCC5, CLZMA, CXMA10) i roto i te Runga tekau. Immunoseq TCR Centrolity i kaha ake te nuinga o te ICR i te whakatikatika i nga whakatikatika i kitea e whakamahi ana i nga tohu CD8 + Whakautu (Whakaahua 2F me 2G). Hei mutunga, ko te tātaritanga o runga ake nei e mau ana te waitohu iCR i te aroaro o te ngaru-huanga, ka whakahiatohia nga pūkaha T o nga pūtau.

Whakaahua 2
Ko te hanganga Microbiome i roto i nga kopa me nga kopa o te mate pukupuku
I mahia e nga kairangahau 16s RRNA te whakamahi i te DNA i tangohia mai i te puku o te puku me te kopae hauora mai i nga turoro 246 (Whakaahua 3A). Mo te whakamana, ka tātarihia e te kairangahau 16 nga raraunga a RRNA ira mai i nga tauira 42 o te raupaparorohiko kaore i tino kitea te DNA e waatea ana mo te tātari. Tuatahi, ko nga kairangahau e whakatau ana i te whanaunga o te pua i waenga i nga pukupuku o te puku me te kiko o te kouruna. I tino piki ake te kaha o te kiripariki i roto i nga pukupuku ka whakaritea ki nga tauira hauora (Whakaahua 3A-3D). Kaore he rereketanga i roto i te rereketanga o te alpha (rereketanga me te maha o nga momo i waenga i te upoko me nga tauira hauora i kitea i nga pukupuku o te miihini-nui.
Ki te kitea nga hononga honohono i waenga i nga tuhinga a-tinana me nga putanga haumanu, e kii ana te kairangahau i nga raraunga 16s RRNA ira hei tautuhi i nga ahuatanga microbiome. I AC-ICAM246, i whakahaerehia e nga kairangahau he tauira rehitatanga OS i tohua e 41 nga waahanga kore-kore (e pa ana ki te mate tahuti kano)
I roto i tenei whakangungu whakangungu (ICAM246), he tohu iti MBR (MBR <0, te MBR) i hono atu ki te mate o te mate (85%). I whakapumautia e nga kairangahau te hononga i waenga i te MBR (tupono) me te OS roa i roto i te rua o nga cohorts whaimana (ICAM42 me TCGA-CAD). (Whakaahua 3) I whakaatu te rangahau i tetahi whakatikatika kaha i waenga i te cocci cocci me nga tohu MBR, he rite tonu ki te kiko o te kopae.

Whakaahua 3. Microbiome i roto i te puku me te kopa hauora me te hononga me te ora me te manawanui.
Wāhanga whakamutunga
Ko te huarahi maha-omiti i whakamahia i roto i tenei rangahau ka taea te kite me te tātari o te waitohu hauhautanga o te mate pukupuku o te koporeihana me te whakaputa i te taunekeneke i waenga i te Microbiome me te punaha raupatu. Ko te huringa o te TCR o te puku me nga kopa hauora e whakaatu ana i te kaupapa Prognostic e tika ana na te hopu i te puku-kino.

Ma te tātari i te whakahiatotanga o te mate pukupuku ki te 16s RRNA ira, i nga tauira ac-icam, i tautuhia e te kapa tetahi tohu microbiome (te tohu mo te mate MRBE) me te uara kaha. Ahakoa ko tenei waitohu i ahu mai i nga tauira o te puku, he tino whakatikatika i waenga i te tatauranga mo te hauora hauora me te puku o te MBR e kii ana ka hopu i te hainatanga o te mate pukupuku. Ma te whakakotahi i te ICR me te MBR, ka taea te tautuhi me te whakamana i te koiora akonga-a-Imic e tohu ana i te oranga o te hunga mate me te mate pukupuku o te kopae. Ko te Dataset maha-ahuru o te rangahau e whakarato ana i tetahi rauemi kia pai ake ai te mohio ki te mate pukupuku o te kopae a te kopae.

Tohutoro:
Roelands, J., Kuppen, PJK, Ahmed, E e et al. He puku whakakotahi, he mate me te microbiome atlas o te mate pukupuku o te kopae. Nat Med 29, 1273-1286 (2023).